Kui hakati mõtlema Kadrioru parki Jaapani aia rajamisele, osutus selle jaoks sobivaks paarihektariline ala pargi kirdeservas, kus olid juba olemas tiik ja põlispuud ning nende kõrval sõnajalgadega pikitud sammaldunud kivikülv, mis aitas aeda ümbritsevasse loodusesse sulandada. 

Jaapani aia rajamisel on palju erinevaid reegleid ja tavasid. Näiteks kivide paigutamine on seal ülioluline. Esimeses Jaapani aia rajamise käsiraamatus “Sakuteiki”, mis on kirjutatud juba XI sajandil ja on üldse maailma esimene teadaolev aiandusraamat, on kivide paigutamisega seotud ligi 20 käsku ja keeldu.